En el año 1936 Casilda tenía 45 años, Isidoro 47.
El 18 de julio de 1936 tuvo lugar una sublevación militar dirigida contra el gobierno de la Segunda República. Uno o dos días después una milicia armada, grupo paramilitar posiblemente formado por falangistas o requetés, detuvieron a Isidoro Mata Martínez. Puede que Isidoro y Casilda estuviesen en Cereceda en casa de la madre de Isidoro porque Casilda estaba de vacaciones escolares de verano. Sus hijos mayores Luis, Pedro y Ángel no vivían en casa con ellos. Vivían con ellos en San Llorente sus tres hijos más pequeños, Matilde, Antonio y Samuel.
Nos han llegado diferentes versiones sobre su muerte. Se dice que lo encontraron muerto y se hizo un entierro por la noche. De sobre donde está enterrasdo hay dos pistas. Las dos indican que está enterrado en algun lugar del cementerio, de Oña o de Quincoces según la versión.

El Valle de Losa era uno de los lugares de Burgos donde había seguidores de la causa carlista. Se explica por su proximidad a Álava y de estar a 32 km de Orduña (Vizcaya), un importante enclave carlista. Ya a principios de 1936 se empezó a organizar en Orduña un grupo de requetés, organización paramilitar carlista tradicionalista, con la intención de prepararse para participar ante un esperado levantamiento militar.
En Quincoces de Yuso, el núcleo urbano predominante del Valle de Losa y muy cercano a San Llorente, se organizó en 1937 el tercio de requetés Santa Gadea.
En el mes de julio de 1936 ya había grupos armados organizados que son los que a partir del día 18 se dedicaron a la captura y asesinato, limpieza decían ellos, de los que consideraban enemigos: republicanos, anticlericales, comunistas, … y a veces también a antiguas enemistades que tenían dinero o cuentas pendientes no necesariamente políticas.
Parece ser que Isidoro, el marido de Casilda, en el año 1936 era vicepresidente de izquierda republicana en Quincoces. En ese momento había un fuerte enfrentamiento entre derechas e izquierdas. Por parte de las derechas, carlistas, falangistas, la mayor parte del clero y el Círculo Católico Agrario, contrarios a la República y enfrentados a las izquierdas de los partidarios del Frente Popular o simples partidarios de la república o no amigos de la iglesia. El día siguiente de la sublevación militar del 18 de julio grupos paramilitares fueron a la captura de sus enemigos de izquierdas. Entre otros detuvieron y asesinaron a Isidoro.

Alguien comentó hace mucho tiempo que una causa que pudo haber influido en el asesinato de Isidoro fue el rencor de algun familiar de la primera mujer que tuvo Isidoro. Parece ser que estaba resentido de que Isidoro se hubiera quedado con la herencia de su mujer. Un día el familiar pidió dinero a Isidoro para poder comprar un camión y este se negó.

En el mes de agosto Casilda al continuar sin notícias de Isidoro decidió ir a Burgos con sus tres hijos pequeños. Fue a casa de su hermano Emiliano que vivía en la ciudad. Habló con alguna persona del gobierno pero no pudo concretar nada de la situación de Isidoro. Esta misma persona le aconsejó que se quedase en Burgos y que no volviese a San Llorente.

Pero a finales del mes de Agosto Casilda decidió ir a San Llorente con sus tres hijos a abrir la escuela porque se acababan las vacaciones de verano y se había de empezar un nuevo curso escolar. Cuando llegaron a Trespadrene, cerca de Cereceda en dirección a San Llorente, Casilda fue detenida. Alguien ha explicado que hubo insultos y que le cortaron el pelo allí mismo. Lo cierto es que se la llevaron y los hijos se quedaron allí solos. Guiados por los más mayores deciden volver a Cereceda andando.

De Casilda nunca más se volvió a saber nada.

Parece ser que en este momento Casilda estaba embarazada, en una fase avanzada de gestación. Alguien ha apuntado que esperaron a que tuviera su hijo antes de fusilarla.

Algunas pistas indican que Casilda está enterrada en algún lugar del cementerio de Trespaderne.

Testimonio de Matilde, hija de Casilda, que estuvo presente en el momento de la detención:

Hace algún tiempo Mauro Torres, historiador y experto en la represión franquista en la provincia de Burgos y su capital, nos facilitó la ficha que sobre Casilda había elaborado en sus investigaciones. Represión franquista en Burgos .

También nos facilitó la ficha de Isidoro.

Muchos maestros fueron objetivos a perseguir. Habían pasado a ser funcionarios de la república y eran los que habían de aplicar los aspectos educativos de la constitución republicana. La escuela laica, unificada y mixta que se proponía fue muy combatida por la derecha. Dos ejemplos de maestros que en el mes de julio también fueron objeto de detención y asesinato en el norte de Burgos: Tomás Pinedo, el maestro de Villabasil y Antoni Benaiges, el maestro de Bañuelos de Bureba.
Un mes más tarde le toca a Casilda, la maestra de San Llorente. Después entre las acusaciones que se le hacen en el expediente de depuración, aparte de sus simpatías políticas, figura la de no cumplir los deberes religiosos. Seguramente, como afirman sus acusadores, retiró el crucifijo de la clase tal como se debía hacer según la normativa del gobierno. Posiblemente la relación con el párroco del pueblo no debía ser buena ya que la mayor parte del clero estaba aliado con las derechas. Pero de esto no se puede deducir que Casilda fuera una anticlerical ya que su hijo mayor estaba en el seminario como hermano del Sagrado Corazón. Seguramente esto mismo debía pasar en otros aspectos como cuando se la acusó de comunista.